九华山属北亚热带湿润季风气候，同时具有高山小气候特点。年平均气温13．4℃，年平均降水量2437．5毫米。阴雨天气多，日照时间比山下短。九华山春来迟，秋偏早，夏短冬长。而且海拔越高，这种四季变化的规律就越明显。九华山冬季大部分地区平均气温为0℃左右，冰冻时间长。
九华山的春季，春雨潇潇，云雾迷漫。云层一般为90米至400米，如果云层厚度在1000米左右，在天台就可以看到云海。此外，在百岁宫、神光岭、小天台等处有时也能看到云海。九华山常年有雾，l至6月和9至10月尤其多。全年雾天多达168天。有时雾粒、低云和毛毛细雨，相互交融，能见度极低。有时在风力作用下，云雾时涨时消，山峦时隐时现，犹如蓬莱仙境。
九华山无风时间很少。风速大于17米／秒的大风年年都有。以5月份出现大风最多，年均19．4天。九华山还经常出现规模较小的地方性的山谷风，一年四季，特别是秋、冬两季，游人在回香阁可以耳闻山谷风所形成的阵阵松涛，目睹竹海翻腾的壮观景象。
