药王庙位于崇文区东晓市街。占地20余亩。始建于明末天启年间，为武清侯所建。因明、清两代京城药王庙很多，故又称位于外城天坛之北的这座药王庙为南药王庙，其规模比其它药王庙为大。

    庙的主要建筑分东、西两部分，西部是寺庙形式：山门门额镌刻“敕封药王庙”，门前原有两尊大铁狮子，进山门有一对大旗杆，每年腊月至正月底，旗杆上挂大红灯笼，旗杆后有报时的钟、鼓楼。

    东部的建筑贯穿在南北轴线上。与山门并列平行的有一排临街罩房，面对罩房第一层殿是吕祖殿，供奉八仙之中的吕洞宾，其后有文昌殿、真武殿。真武殿后有一座戏楼，戏楼北是药王寝宫，宫内供奉着药王爷和十大名医，在它西边还有一个小配殿，供财神爷赵公明。

    最后是一栋二层上下开问各七间半的木楼，楼上供奉东王公、太阳公、东岳大帝、灶王爷、南北五祖等几十位神像，多为木雕或铜铸，楼下存放祭神的用品杂物。东边有七、八个小院落，多为僚舍。

    东部庙房多已拆除，西部除山门以外，主要三层大殿及配殿至今尚保存完整。为崇文区重点保护文物。