保护区地势平坦，三面环山，冬春季节，山岭积雪。那曲河、奶子河等十余条河弯弯曲曲，流经草源注入纳帕海。海西北面的辛苦雅拉雪女山麓有天然落水洞九处，洪水经过溶洞，从尼西汤满河排出、流入金沙江。每逢雨季、湖面增高、到旱季洪水排出、湖面缩小、大部分地区成为沼泽和草甸。 ６月伊始，各种野花竞相开放，茫茫草原，琼花瑶草争奇斗艳。成群的牛羊随草海起伏，如在海中沉浮。茫茫草原，四处是“风吹草低见牛羊”的草原美景。西面的石卡、叶卡、辛苦雅拉三大雪山俏然挺立。雪山、草原、牛羊组成了大西南的塞北风光。 秋冬来临，草原一片金黄、远山如黛、皑皑白雪峰倒影与湖泊中，这一季节，黑颈鹤、黄鸭、班头雁云集于此，在草丛中、水面上嬉戏漫游，使广阔空灵的草原另具一番诗情画意。藏族人民热爱飞禽、从不伤害它们，特别是黑颈鹤，千百年来得到了藏族人民的保护，与人十分亲近，常在村舍旁、帐逢边落脚过夜，与人畜共处、惹人喜爱。 　　纳帕海西北山上，中是甸古寺——衮钦寺的遗址。古树参天、郁郁葱葱，四周断坦残缺，瓦砾遍地，该寺建于明末，毁于清初。据史料记载，该寺有一尊三丈六尺高的强巴佛像，明代旅游家徐侠客曾慕名前往参观，被丽江木氏土司所阻拦未能如愿而抱憾不已。 　　登临古寺遗址，纳帕草原尽收眼底，在清幽、宁静的自然风光中凭吊古迹，别有一番风情。